基金会的组织结构由治理决策机构理事会和执行团队秘书处两个部分组成。理事会承担决策职能,通过由理事长召集并主持的定期理事会会议,对基金会战略规划、年度计划、预算等重大事项进行审议和审批。理事会下设项目审核委员会,项目审核委员会由理事及外部专家等组成,对理事会汇报,负责基金会项目的审批和质量监控。理事会秘书由秘书处工作人员兼任,负责理事会的会议记录、纪要、文件的起草、记录和保管等及理事会闭会期间理事、监事的联络工作等。秘书处为基金会的执行机构,负责人为秘书长,由理事会从理事中选举产生,负责秘书处日常工作。秘书处下设行政、项目、财务、人力资源和公关等职能部门。

基金会自成立以来,坚持走专业化的道路。执行团队秘书处按照实现其使命的需求进行设置和组建,完全专注于基金会的工作。2009年以来,秘书处组成成员得到了较大的充实,增加了非盈利组织管理,社区发展,环境保护等方面的专业人才,教育背景,专业能力和职业素养得到了整体提高。
目前秘书处员工六人,专业的团队在行业内树立了良好的职业形象,为向一流基金会迈进奠定了基础。
国务院参事室特约研究员。2005年至2009年任全国人大环境与资源保护委员会调研室主任,2002至2005任全国人大环境与资源保护委员会办公室副主任,1989年至2002年全国人大常委会办公厅外事局副处长、处长。1983年至1989年任黄华副委员长秘书。
万通投资控股股份有限公司及北京万通地产股份有限公司董事长。阿拉善SEE生态协会(北京企业家环保基金会)的发起人之一,执行理事,现任章程委员会主任;爱佑华夏慈善基金会发起人之一。
全国政协委员,北京科技协会副主席,原科技馆馆长、技术委员会主任。中国科学院理学博士,德国慕尼黑大学高级访问学者,博士后研究员。曾任中国科学院自然科学史研究所副所长、博士生导师。另有中国民间组织国际交流促进会副会长,中国宋庆龄基金会理事,中国关爱协会副理事长兼秘书长等社会职务。
现任北京师范大学社会发展与公共政策研究院教授,院长;华东师范大学人口研究所兼职教授;美国加州大学旧金山分校老龄与健康研究所助理教授。北京师范大学学士、硕士;美国加利福尼亚大学伯克利分校社会福利学院博士。
现任斯德哥尔摩国际环境研究院,副院长。北京大学社会学人类学研究所,博士后;美国匹兹堡大学,社会学博士。曾任环境与发展研究所所长,国际环境与发展学院中国项目主任美国西部精神病研究院副研究员。斯德哥尔摩国际环境研究院理事会理事,国际环境与发展研究院理事会理事,贸易与可持续发展国际研究中心理事会理事。
哈佛大学肯尼迪政府学院公共管理硕士学位。现任中国亚太长城律师联盟副理事长,北京天济律师事务所管委会主任.中国中小企业协会法律顾问,中国生命关怀协会法律顾问。曾任美国通用电气公司运输部法律顾问,哈佛大学国际发展研究所客座研究员,21世纪美中发展联盟理事长,多年从事跨国公司在国际金融、知识产权、环境保护、房地产等领域的法律服务。
现任可持续发展社区协会中国首席代表。哈佛大学肯尼迪政府学院公共管理硕士学位。曾任微软中国社区事务总监,亚洲基金会,历任项目官员、中国事务主任。曾就职于福特基金会,中国社会科学院。
现任阿拉善SEE生态协会专家委员会主席。北京大学西语系文学硕士,上海大学法学博士。曾任国家环保局环境经济政策研究中心政策室主任,阿拉善SEE生态协会秘书长、云南绿色经济研究院院长。出版了《成为上帝》、《东亚新文化的兴起——东亚经济发展论》、《老子详解——老子执政学研究》。
现任国际美慈组织中国主任。北京大学国际关系学院国际政治学法学学士,哈佛大学肯尼迪政府学院公共管理硕士。曾任福特基金会北京代表处首席代表助理,友成企业家扶贫基金会副秘书长;翻译了《公民社会》《全球公民社会—非营利部门指数》等著作。
现任万通投资控股股份有限公司董事会审计委员会副主任委员。北京商学院会计系,财务专业,经济学学士,注册会计师。曾就职于首都钢铁公司,先后在首钢船务公司、首钢南方公司工作。
万通地产股份有限公司公关部经理,负责公司品牌管理和公共关系工作。北京广播学院(现更名为中国传媒大学),学士。1999年加入北京万通实业股份有限公司任公共关系部经理。曾任北京恒利通广告有限责任公司,任职常务副总经理,创办国内首家DM媒体《家庭时尚》杂志。
现任万通公益基金会理事、秘书长。哈佛大学肯尼迪政府学院公共政策硕士;北京大学政治学硕士。2000年加入国际计划组织中国总部,担任项目总监;2009年1月加入万通公益基金会任秘书长。